L'île se situe à 7 milles marins au nord d'Héraklion, une épine calcaire d'environ 12 kilomètres carrés, inhabitée et dont la forme, selon la légende locale, serait celle d'un lézard pétrifié par Zeus. Quatre baies profondes entaillent son flanc sud — Agios Georgios, Kapari, Panagia et Agrielia — chacune creusée par le meltemi qui balaie le chenal chaque été. Les sources anciennes témoignent d'un mouillage minoen ici ; des tessons de poterie romains et byzantins ont été remontés des hauts-fonds. Une chapelle dédiée à Saint Georges se dresse seule au-dessus de la plus grande crique, blanchie à la chaux et rarement visitée. Rien d'autre n'a été construit sur l'île de mémoire d'homme.
Ce qui compte aujourd'hui, c'est ce qui est absent. Dia a été désignée site Natura 2000, et l'îlot tout entier sert de refuge à la chèvre sauvage crétoise, le kri-kri, réintroduite ici lorsque ses effectifs sur le continent se sont effondrés. Les faucons d'Éléonore nichent sur les falaises du nord. Les phoques moines, parmi les mammifères marins les plus rares d'Europe, utilisent les grottes marines le long de la côte exposée. L'entrée coûte 0 EUR ; l'île est inhabitée et n'a ni barrière ni frais d'accès officiels, le seul coût d'une excursion en bateau à l'île de Dia est donc le passage lui-même.
Ce passage prend plusieurs formes. Une excursion en bateau à l'île de Dia au départ d'Héraklion part du port vénitien et effectue la traversée en moins d'une heure. Les départs commercialisés comme une excursion en bateau à l'île de Dia au départ de Hersonissos empruntent une approche plus longue par l'est. Les voyagistes incluent la traversée comme un produit d'excursion en bateau à l'île de Dia TUI, tandis que les skippers indépendants proposent une excursion d'une journée à l'île de Dia avec deux ou trois arrêts baignade. Ce sont les conditions de navigation, et non les horaires, qui déterminent l'itinéraire.
La géologie explique la qualité de l'eau. Le calcaire de Dia filtre plutôt qu'il ne s'enlise, et en l'absence de rivières, d'agriculture et de ruissellement lié aux établissements humains, la visibilité dans les baies du sud dépasse régulièrement les vingt mètres. Le plateau chute brusquement au-delà des criques, ce qui explique pourquoi le débat archéologique sur les murs du port de Cousteau reste irrésolu : une partie des preuves se trouve à des profondeurs que les plongeurs récréatifs atteignent rarement. Vue depuis le pont d'une excursion en bateau à l'île de Dia, l'île ressemble à de la roche nue et à de la phrygana épineuse. Vue depuis l'eau, c'est l'une des côtes les moins perturbées de la mer Égée.